Является одним из старейших и крупнейших в мире учреждений, разрабатывающих проблемы инфекционной патологии человека. Он был основан еще в1891 г. Претерпев ряд преобразований, в1945 г. вошел в состав АМН СССР, с1949 г. носит имя почетного академика Н.Ф.Гамалеи.
Деятельность института направлена на разработку научных основ борьбы с инфекционной патологией человека. Сегодня институт – это головная организация страны по осуществлению фундаментальных исследований в области микробиологии, которая координирует и во многом определяет научную работу институтов и учреждений соответствующего профиля. Это многопрофильный научно-методический и внедренческий центр, реализующий фундаментальные исследовательские и клинико-экспериментальные разработки по эпидемиологии и экологии микроорганизмов, медицинской микробиологии, основам генетики и молекулярной биологии бактерий, инфекционной иммунологии, биотехнологии, нанотехнологиям и математическому моделированию эпидемий.